天顺元年，英宗复位。当月内，英宗以未经刑部和都察院审讯为由，直接处理了一批与土木堡事件牵连的人，其中包括兵部尚书于谦、原辽东指挥范广，以及宣府总兵杨洪之子、昌平侯杨俊。杨俊是土木堡之变的罪魁祸首，他注定逃不过法网。但石亨同样参与了土木堡兵变，然而英宗并未对他采取行动。相反，英宗即位后，第一个受到重赏的便是石亨。当天，石亨由武清侯封为忠国公，封号二千五百石禄。石亨的侄子石彪在第二个月被提升为都督同知。这并非因为石亨在土木堡之变中立下了赫赫战功，而是因为京城的军队完全掌握在石亨的手中。五军营、三千营、神机营，这京城三大阵地，在于谦和石亨的共同调配下，全部都归于石亨掌管，再加上他的侄子石彪也手握大权，英宗暂时难以对其动弹。英宗即位的第二个月，刚刚晋升为都督同知的石彪被任命为游击将军，调往大同巡边，离开京城。三月，来自九边之一的陕西延绥传来消息，李懋指挥的军队阵亡，但并无确切敌情记录，很可能敌军规模不大。英宗便以延绥边疆受敌为借口，任命石亨为征北将军、总兵官，派遣他前去延绥查探敌情，随时伺机歼灭敌军。也就是说，他们并不清楚敌人的规模，也无法确定敌人的位置。石亨因此被调离京城。
天顺元年四月，石亨刚离开京城，英宗便开始分割他的兵权。英宗颁诏给京城的五军营，这是京军的核心力量，分别由会昌侯孙继宗、太平侯张岳和安远侯柳溥，这些将领分别是英宗的亲戚和得力干将，共同负责掌管三军。如此一来，京城的军权再次分成了三部，恢复了洪武、永乐时的旧制。除此之外，英宗还颁布诏令，明文规定兵部尚书这一文官职位不得再兼任监军，而由太监曹吉祥来负责监军职责。在所有安排妥当后，四月份英宗允许石亨班师回京，然而石亨在陕西未能取得多少战果，只是纯粹行军。回到京城后，石亨却发现自己已失去了原先的军权。就在他刚刚回到京城的时候，石亨受到了监察御史杨宣的控告，指责他侵占了民田。这样一桩小事，放在之前的日子里很可能不会引起注意，但现在有人以此作为指控，石亨心知大势已去。六月，石亨主动提出放弃兵权，请求告老还乡，但英宗未予答应。朱祁钰在位期间，石亨在各个层面安插了太多的党羽，英宗不能轻易放他离去。
天顺二年七月，石彪被任命为征西将军，调往了宁夏，远离京城。同样被调离的还有杨洪的两个侄子，分别是武强伯杨能和彰武伯杨信，他们被调往了陕西延绥，也是土木堡事件的参与者。英宗在处理京城内部事务之前，必须将这些潜在的威胁排除在外。天顺三年，石彪受召回京城。回到京城后，石彪被封为定远侯，看似前景一片美好，但实际上这只是一场幌子。石彪未能高兴几天，八月便被投入锦衣卫大狱，再也未出。石彪下狱后，石亨失去了任何反抗能力，十月份被英宗下旨回家安享晚年，实际上是软禁在家。第二年天顺四年，石亨无职可掌，被弹劾，正月下狱，二月在狱中突然暴毙。石亨的一去，石彪随即被斩首，家产被没收。至此，英宗花了三年时间，才基本清除了土木堡兵变的相关人员，尽管还未完全。
然而，仍有一个例外，大同总兵郭登。在土木堡兵变中，英宗赴大同未能如愿以偿，完全是因为郭登的阻挠。郭登身份特殊，他是明初开国功臣武定侯郭英的后裔。尽管他不是嫡长子，未被封爵，但英宗在即位后，可以信任的得力助手寥寥无几，因此对于郭登，英宗不能采取过于严厉的手段。尽管郭登也曾受到下狱论处，但只是受到了一些威胁，被降职为都督佥事，调任甘肃。事情就此了结。
英宗处理石亨一伙的过程相当顺利，所以后世记载的"曹石之乱"这个说法并不准确，实际上石亨并未发起叛乱，只有曹钦之变。然而这发生在一年半之后，是明朝史书上乃至整个中国历史上从未有过的太监动用军队攻打紫禁城的事件，甚至将紫禁城的东安门都给烧毁了。明实录将曹钦之变的原因说成是曹钦与石亨勾结，显然是缺乏根据的臆测。英宗处理石亨一伙主要依靠太监和锦衣卫，这是他唯一能够信赖的力量。此外，太监并非可以独自执掌朝政，他们打进皇城又能有何作为？因此，明史中的说法再次扭曲了曹钦之乱的本质，实际上这是一场发生在宫廷内部的政变，只是被后世的史书所掩盖。
